Qu'est-ce que le test génomique?

Le test génomique est un type de test qui ne se limite pas à vos gènes mais à la manière dont vos gènes interagissent et à ce que ces interactions signifient pour votre santé..
Les tests génomiques sont souvent confondus avec les tests génétiques. La principale différence est que les tests génétiques sont conçus pour détecter une seule mutation génétique (comme les mutations BRCA1 et BRCA2 associées au cancer du sein et de l'ovaire), tandis que les tests génomiques examinent tous vos gènes..
En examinant plus en détail votre constitution génétique, y compris la manière dont vos gènes sont séquencés et leur influence mutuelle, les tests génomiques peuvent vous aider à comprendre comment votre corps fonctionne au niveau moléculaire et ce que cela signifie en termes de risque de maladie, de progression ou de maladies. récurrence.
Les tests génomiques sont couramment utilisés dans le traitement du cancer pour déterminer le comportement probable d'une tumeur. Cela peut aider les médecins à prévoir l'agressivité de votre cancer et à déterminer s'il est susceptible de se propager (métastases) à d'autres parties du corps..
Le test génomique est un outil central dans le développement de la médecine personnalisée qui vise à personnaliser les traitements, les produits et les pratiques en fonction de l'individu..
Génétique vs. Génomique
Si la génétique et la génomique sont toutes deux associées à des gènes, elles ont des objectifs et des applications totalement différentes.

La génétique

La génétique étudie les effets des gènes sur un individu. Les gènes fournissent au corps des instructions sur la fabrication des protéines; les protéines, à leur tour, déterminent la structure et la fonction de chaque cellule du corps. Les gènes sont constitués de blocs de construction, appelés ADN, organisés en une chaîne appelée "bases". L’ordre ou la séquence des bases déterminera quelles instructions seront envoyées et quand..
Alors que de nombreux gènes sont codés pour produire des protéines spécifiques, d'autres gènes non codés régulent comment et quand les protéines sont produites (essentiellement activer et désactiver certains gènes). Toute aberration dans le fonctionnement d'un gène peut influencer le risque de certaines maladies en fonction des protéines affectées..
Dans certains cas, une seule mutation génique peut être associée à des maladies telles que la fibrose kystique, la dystrophie musculaire et la drépanocytose.
Les tests génétiques peuvent rechercher toute mutation génétique que vous pourriez avoir héritée de vos parents, soit pour confirmer un diagnostic, prédire les risques futurs, ou pour identifier si vous êtes porteur..

Génomique 

La génomique est l'étude de la structure, de la fonction, de la cartographie et de l'évolution de l'ensemble complet de l'ADN, y compris de tous les gènes. Le matériel génétique et toutes les séquences sont appelés le génome. La génomique a pour objectif d'analyser la fonction et la structure d'un génome afin de:

• Comprendre comment des systèmes biologiques complexes, tels que le système cardiovasculaire et le système endocrinien (hormone), s'influencent mutuellement
• Prédire quels problèmes peuvent survenir si des interactions génétiques interfèrent avec les fonctions biologiques normales

Au total, il existe entre 20 000 et 25 000 gènes différents codant pour des protéines et environ 2 000 gènes régulateurs non codés dans le génome humain..
La génomique est importante car elle nous aide à comprendre pourquoi certaines personnes sont génétiquement prédisposées à certaines maladies (même si nous ne comprenons pas comment certains gènes interagissent). Plutôt que d'identifier une voie génétique unique, la génomique évalue la multitude de variables génétiques qui affectent le développement et / ou le traitement d'une maladie, telle que le cancer ou le diabète..
Contrairement à la génétique, la génomique n'est pas contrainte à des mutations héréditaires. Il identifie comment votre constitution génétique influence l'évolution d'une maladie et, inversement, comment l'environnement, le mode de vie et les traitements médicamenteux peuvent déclencher des mutations qui modifient l'évolution de la maladie..
En comprenant ces variables en constante évolution, les médecins peuvent faire des choix de traitement plus éclairés, souvent à titre préventif..

Rôle des tests génomiques

Les tests génomiques sont basés sur notre compréhension actuelle du génome humain, un processus qui a débuté avec le projet collaboratif sur le génome humain de 1990 à 2003..
Au cours des années de rassemblement, les scientifiques ont été en mesure d'identifier de plus en plus les anomalies génétiques qui traduisent non seulement le développement d'une maladie, mais également ses caractéristiques. Cela a permis de comprendre pourquoi certaines personnes développent des formes de cancer plus agressives, vivent plus longtemps avec le VIH ou ne réagissent pas à certaines formes de chimiothérapie..
Alors que les tests génétiques peuvent confirmer ou infirmer une suspicion d'état génétique, la génomique va encore plus loin dans les tests en nous fournissant:

• Marqueurs de risque afin de dépister les maladies
• Marqueurs pronostiques pour prédire la rapidité avec laquelle une maladie progressera, sa probabilité de réapparition et son issue probable
• Marqueurs prédictifs orienter les choix de traitement et éviter la toxicité
• Marqueurs de réponse déterminer l'efficacité de divers traitements

Bien que la génomique se concentre sur les implications de notre constitution génétique indépendamment de tous les autres facteurs, elle n'est pas utilisée isolément..
Le mouvement croissant vers la médecine personnalisée est en train de changer notre approche des maladies en général. Plutôt qu'une solution unique, la médecine personnalisée tient compte de la grande variabilité génétique, environnementale et du style de vie pour offrir une solution plus personnalisée à chaque individu..

Comment fonctionne le test

Les tests génomiques sont généralement proposés sous forme de panel de gènes ciblés, allant d’une analyse de «points chauds» génétiques (sites de mutation bien établis) à un séquençage complet du gène. Les tests sont généralement effectués dans un laboratoire spécialisé certifié en vertu de la CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments) de 1988. Il existe actuellement plus de 500 laboratoires de génétique agréés par la CLIA aux États-Unis..
La plupart des tests nécessitent un échantillon de sang ou de salive ou un écouvillon à l'intérieur de la joue (appelé frottis buccal). Selon les objectifs du test, il peut ne nécessiter que quelques gouttes de sang ou plusieurs flacons. Une biopsie d'une tumeur ou de la moelle osseuse peut être nécessaire chez les personnes atteintes de cancer.
Une fois l’échantillon obtenu, les résultats prennent généralement entre une et quatre semaines. En fonction de l'affection traitée, un conseiller en génétique peut vous aider à comprendre les limites du test et ce que les résultats signifient et ne veulent pas dire..

Séquençage de nouvelle génération

Le séquençage de prochaine génération (NGS) est le principal outil de test génomique. Il est utilisé pour identifier et évaluer la séquence génétique de millions de segments d'ADN courts appelés "lectures". Les lectures sont ensuite assemblées en une séquence complète pour déterminer les variations génétiques (variants) présentes et leur signification..
NGS est extrêmement flexible et ne peut être utilisé que pour séquencer quelques gènes, comme pour un panel de cancer du sein héréditaire, ou pour tout le génome généralement utilisé à des fins de recherche pour dépister des maladies rares.. 
Étant donné que la plupart des variantes ont peu ou pas d’impact connu sur la santé humaine, elles seront filtrées pour en identifier quelques-unes qui ont une signification médicale. Ces variantes seront ensuite notées sur une échelle de cinq points allant de:

1. Bénigne (ne provoque pas de maladie)
2. Probablement bénigne
3. Incertain
4. Probablement pathogène (causant une maladie)
5. Pathogène

Bien que la plupart des laboratoires signalent les résultats pathogènes et probablement pathogènes, certains incluent également les résultats incertains, probablement bénins et bénins. Une interprétation d'un généticien certifié serait également incluse.

Résultats primaires et secondaires

Les résultats directement liés à une condition suspectée sont référés aux résultats primaires, tandis que ceux qui sont significatifs sur le plan médical mais non liés sont appelés résultats secondaires (ou accidentels).. 
Les découvertes secondaires sont souvent pertinentes et peuvent révéler le risque génétique d'une personne pour une maladie future, le statut de porteur ou des découvertes pharmacogénétiques (comment votre corps traite-t-il un médicament spécifique). Dans certains cas, des tests peuvent également être effectués sur vos parents pour vous aider à identifier les variantes partagées et celles qui sont partagées. de novo (non hérité).

Tests génomiques dans le cancer

Le développement des tests génomiques s’est produit plus ou moins parallèlement à l’essor des traitements anticancéreux ciblés. Alors que les scientifiques commençaient à comprendre comment certaines variantes génétiques transformaient des cellules normales en cellules cancéreuses, ils ont pu mettre au point des tests pour dépister certaines variantes et mettre au point des médicaments pour cibler ces gènes..
Aujourd'hui, les tests génomiques font de plus en plus partie intégrante du traitement et de la gestion de nombreux types de cancer, y compris le cancer du sein et le cancer du poumon..
Alors que les tests génétiques peuvent aider à identifier le risque de cancer d'une personne, les tests génomiques nous aident à identifier les marqueurs génétiques associés aux caractéristiques de la maladie. Cela nous permet de prédire le comportement probable d'une tumeur, y compris sa vitesse de croissance et les risques de métastases..
Ceci est important étant donné que les cellules d'une tumeur sont sujettes à une mutation rapide. Même si une seule variante génétique est responsable de la croissance d'une tumeur, la maladie elle-même peut prendre différentes formes, certaines agressives et d'autres non. Alors qu'un test génétique peut aider à identifier la malignité, un test génomique peut identifier les moyens les plus efficaces de le traiter..
De plus, si une tumeur subit une mutation soudaine, un test génomique peut déterminer si la mutation est réceptive à un traitement ciblé. Le médicament Nerlynx (nératinib) utilisé pour cibler et traiter le cancer du sein HER2-positif au stade précoce.

Comparaison des tests génétiques et génomiques dans le cancer du sein

La génétique

• L'étude des traits génétiques hérités, y compris ceux associés à certaines maladies
  
• La génétique établit votre risque d'hériter le cancer de vos parents
  
• Les tests BRCA1 et BRCA2 permettent de prédire votre risque de cancer du sein ou de l'ovaire
  
• Une fois que vous connaissez votre risque de cancer du sein, vous pouvez prendre des mesures pour réduire activement votre risque.
  

Génomique

• L'étude de l'activité et de l'interaction des gènes dans le génome, y compris leur rôle dans certaines maladies
  
• Une fois que vous avez un cancer, la génomique détermine le comportement de la tumeur
  
• Les tests de cancer du sein Oncotype DX et PAM50 sont utilisés pour profiler une tumeur et prédire comment vous allez réagir à la chimiothérapie
  
• Sur la base des résultats du test génomique, vous et votre médecin pouvez décider des options de traitement les plus appropriées après une chirurgie.
  

Tests génomiques à domicile

Les tests génomiques à domicile ont déjà infiltré notre quotidien, à commencer par la publication en 2007 du kit génétique à domicile destiné au consommateur, 23andMe..
Alors que certains tests génétiques à domicile, tels que les tests AncestryDNA et National Geographic Geno 2.0, étaient conçus uniquement pour retracer l'ascendance d'une personne, 23andMe offrait aux consommateurs la possibilité d'identifier leur risque de contracter certaines maladies génétiques..
C'est un modèle d'entreprise qui a été semé d'embûches. En 2010, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a ordonné à 23andMe et à d’autres fabricants de tests génétiques à domicile liés à la santé d’arrêter de vendre ces dispositifs, considérés par le régulateur comme des "dispositifs médicaux" en vertu de la loi fédérale.
En avril 2016, après des années de négociations avec la FDA, 23andMe s'est vu accorder le droit de publier son test de risque génétique lié à la santé du génome personnel, capable de fournir des informations sur la prédisposition d'une personne aux 10 maladies suivantes:

• Déficit en alpha-1 antitrypsine (une maladie génétique liée aux maladies du poumon et du foie)
• Maladie coeliaque
• Dystonie primaire précoce (trouble du mouvement involontaire)
• Déficit en facteur XI (trouble de la coagulation sanguine)
• Maladie de Gaucher de type 1
• Déficit en glucose-6-phosphate déshydrogénase (trouble des globules rouges)
• Hémochromatose héréditaire (trouble de la surcharge en fer)
• Thrombophilie héréditaire (trouble de la coagulation sanguine)
• Maladie d'Alzheimer tardive
• la maladie de Parkinson

Les tests à base de salive offrent le même niveau de précision que ceux utilisés par les médecins.
Malgré les avantages de ces produits, certains défenseurs du risque potentiel de discrimination si des informations génétiques étaient partagées sans l’autorisation du consommateur demeurent. Certains soulignent le fait que le géant pharmaceutique GlaxoSmithKline (GSK) est déjà un investisseur dans 23andMe et envisage d’utiliser les résultats des tests des plus de cinq millions de clients pour concevoir de nouveaux médicaments..
Pour contrer ces critiques, 23andMe a informé la FDA que les résultats seraient "désidentifiés", ce qui signifie que l'identité et les informations du consommateur ne seraient pas partagées avec GSK..