Comment fonctionne le test de résistance génétique au VIH?
En cas d’échec du traitement, il faut sélectionner d’autres combinaisons de médicaments afin de supprimer cette nouvelle population de virus résistants.. Test de résistance génétique aide à faciliter cela en identifiant les types de mutations résistantes dans le "pool viral" d'une personne, tout en déterminant le degré de sensibilité de ces virus à des agents antirétroviraux potentiels.
Deux outils principaux sont utilisés pour le test de résistance génétique du VIH: le Dosage génotypique du VIH et le Dosage phénotypique du VIH.
Qu'est-ce qu'un génotype et un phénotype??
Par définition, un génotype est simplement la constitution génétique d'un organisme, tandis qu'un phénotype représente les caractéristiques ou les traits observables de cet organisme..Les tests génotypiques (ou génotypage) fonctionnent en identifiant les instructions héritées dans le codage génétique d'une cellule, ou son ADN. Les tests phénotypiques (ou phénotypage) confirment l'expression de ces instructions sous l'influence de différentes conditions environnementales.
Bien que l'association entre génotype et phénotype ne soit pas absolue, le génotypage peut souvent prédire le phénotype, en particulier lorsque des modifications du code génétique confèrent les modifications attendues des caractères ou des caractéristiques, comme dans le cas du développement d'une pharmacorésistance..
Le phénotypage, par contre, confirme le "ici et maintenant". Il vise à évaluer la réaction d'un organisme à des changements spécifiques de la pression environnementale, par exemple lorsque le VIH est exposé à différents médicaments et / ou à différentes concentrations de médicaments..
Expliquer le génotypage du VIH
Le génotypage du VIH est généralement la technologie la plus couramment utilisée pour le test de résistance. L’objectif du test est de détecter des mutations génétiques spécifiques dans la gag-pol région du virus ' génome (ou code génétique). C’est la région où la transcriptase inverse, la protéase et l’intégrase, cibles de la plupart des médicaments antirétroviraux, sont codées sur la chaîne de l’ADN..En amplifiant d'abord le génome du VIH en utilisant la technologie de la réaction en chaîne de la polymérase (PCR), les techniciens de laboratoire peuvent séquencer (ou "cartographier") la génétique du virus à l'aide de diverses technologies de détection de mutation..
Ces mutations (ou accumulation de mutations) sont interprétées par des techniciens qui analysent la relation entre les mutations identifiées et la sensibilité attendue du virus à différents médicaments antirétroviraux. Les bases de données en ligne peuvent aider en comparant la séquence de test à celle d'un prototype de virus "de type sauvage" (c'est-à-dire, le VIH ne contenant aucune mutation résistante).
L'interprétation de ces tests est utilisée pour déterminer la sensibilité aux médicaments, le plus grand nombre de mutations clés conférant des niveaux plus élevés de résistance aux médicaments..
Expliquer le phénotypage du VIH
Le phénotypage du VIH évalue la croissance du VIH d'une personne en présence d'un médicament, puis le compare à la croissance d'un virus de type sauvage de contrôle dans le même médicament..Comme pour les tests génotypiques, les tests phénotypiques amplifient la région gag-pol du génome du VIH. Cette section du code génétique est ensuite "greffée" sur un clone de type sauvage en utilisant technologie de l'ADN recombinant. Le virus recombinant résultant est utilisé pour infecter des cellules de mammifère in vitro (en laboratoire).
L’échantillon viral est ensuite exposé à des concentrations croissantes de différents médicaments antirétroviraux jusqu’à obtention d’une suppression virale de 50% à 90%. Les concentrations sont ensuite comparées aux résultats de l’échantillon témoin, de type sauvage.
Les changements de "pli" relatifs fournissent la plage de valeurs par laquelle la sensibilité aux médicaments est déterminée. Un changement de quatre fois signifie simplement que quatre fois la quantité de médicament était nécessaire pour obtenir une suppression virale par rapport à celle du type sauvage. Plus la valeur de repliement est grande, moins le virus est sensible à un médicament spécifique.
Ces valeurs sont ensuite placées dans les plages cliniques inférieures et supérieures, les valeurs supérieures conférant des niveaux plus élevés de résistance aux médicaments. (Voir exemple de rapport.)
Quand un test de résistance génétique est-il effectué??
Aux États-Unis, des tests de résistance génétique sont traditionnellement effectués sur des patients naïfs de traitement afin de déterminer s’ils présentent une résistance «acquise» aux médicaments. Des études menées aux États-Unis suggèrent qu’entre 6% et 16% des virus transmis seront résistants à au moins un médicament antirétroviral, tandis que près de 5% résistent à plus d’une classe de médicaments..Le test de résistance génétique est également utilisé lorsque la pharmacorésistance est suspectée chez les individus en traitement. Le test est effectué pendant que le patient prend le schéma thérapeutique ayant échoué ou dans les quatre semaines suivant l’arrêt du traitement si la charge virale est supérieure à 500 copies / mL. Les tests génotypiques sont généralement préférés dans ces cas car ils coûtent moins cher, ont un délai d'exécution plus court et offrent une plus grande sensibilité pour la détection des mélanges de virus de type sauvage et de virus résistant.
Une combinaison de tests phénotypiques et génotypiques est généralement préférable pour les personnes présentant une multirésistance complexe aux médicaments, en particulier pour celles exposées à des inhibiteurs de protéase..
