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    Utilisation du microbiome humain pour traiter les maladies courantes

    Les microbes vivant en nous et sur nous sont plus nombreux que nos propres cellules. Le microbiote dans l'intestin est l'un des écosystèmes bactériens les plus densément peuplés que l'on connaisse dans la nature. Il régule la fonction métabolique et les réponses immunitaires et contribue à l'humeur et au comportement. Les déséquilibres ont été liés à différentes maladies, notamment la maladie intestinale inflammatoire et les troubles métaboliques. Un microbiome sain, en revanche, peut avoir une fonction protectrice, comme cela a été démontré dans le cas de Helicobacter pylori, qui était auparavant seulement connu pour ses effets nocifs.
    Les scientifiques reconnaissent maintenant que H.pylori-qui, soit dit en passant, a également été trouvé dans l’estomac d’Iceman Oetzi, âgé de 5 300 ans, qui pourrait protéger contre le reflux acide et l’asthme.

    Microbiome ou microbiote?

    Le microbiome et le microbiote ont fait couler beaucoup d'encre ces derniers temps en raison des avancées scientifiques liées au traitement des maladies gastro-intestinales et immunitaires impliquant des communautés microbiennes. Il y a eu une certaine ambiguïté dans la manière dont les deux termes sont utilisés. Le Dr Jonathan Eisen de l'Université de Californie à Davis a indiqué que le microbiome est maintenant couramment utilisé pour désigner la collection de micro-organismes qui occupent un certain habitat dans le corps, par exemple l'intestin humain. Le terme a été utilisé pour la première fois dans les années 1800 et apparaît dans un vieux livre italien d'obstétrique et de gynécologie. Quelques autres sources de confiance, telles que la revue scientifique La nature, définir également le microbiome comme le matériel génétique dans un microbiote. À leur avis, le microbiote désigne toute la collection d’organismes.
    Bien qu'il semble y avoir une certaine incohérence dans l'utilisation de la terminologie, la communauté scientifique convient sans équivoque que la contribution des microbes à la santé humaine est importante..
    Néanmoins, il peut parfois être difficile d’étudier leur influence directe et leur lien de causalité avec différentes maladies..

    Transférer le microbiome entre personnes

    En 2016, une étude a été publiée dans Médecine de la nature qui décrit le processus de transfert du microbiome de la mère à son nouveau-né.
    Il a déjà été établi que les bébés nés par césarienne sont plus susceptibles de développer des maladies auto-immunes. Comme leur mode d'administration ne les expose pas au microbiome vaginal, juste après la naissance, leur microbiome intestinal ressemble à celui de la peau de leur mère. En revanche, les bébés nés dans le vagin ont un microbiome intestinal qui ressemble au microbiome vaginal de leur mère, qui semble les protéger contre certaines conditions nocives. Une expérience conçue par la professeure agrégée Maria Dominguez-Bello de l'Université de New York s'est penchée sur le transfert du microbiome vaginal de la mère à des bébés nés par césarienne. Les mères ont été frottées et les bébés colonisés immédiatement après la naissance. Après un mois d'examen, les nouveau-nés vaccinés avec le microbiome vaginal avaient toujours un microbiome qui ressemblait beaucoup au vagin de leur mère. Ces transferts de flore vaginale après une césarienne, également appelés «ensemencement vaginal», pourraient devenir une procédure importante à l'avenir et pourraient contribuer à prévenir certaines affections auto-immunes..
    Certains experts ont toutefois averti que, même si cette pratique est de plus en plus populaire, ses avantages n’ont pas encore été prouvés. Le Dr Aubrey Cunnington, de l'Imperial College London, affirme que le liquide vaginal peut également être porteur de bactéries et de virus pouvant être nocifs pour le bébé. Pour le moment, on a généralement conseillé aux professionnels de la santé de ne pas effectuer d'ensemencement vaginal.
    La transplantation de microbiote fécal (FMT) ou la bactériothérapie a également été explorée. Il a par exemple été appliqué à des patients présentant un déséquilibre bactérien dans leur intestin résultant d’un traitement antibiotique antérieur ayant détruit des bactéries utiles..
    Les personnes chez qui on a diagnostiqué des récidives Colite à Clostridium difficile (qui peut survenir chez les personnes prenant des antibiotiques) peut maintenant être traité par un transfert de selles provenant d'un donneur en bonne santé. C. difficile les infections sont considérées comme les infections nosocomiales les plus courantes. L'infection entraîne souvent une diarrhée récurrente. Les docteurs Michael Tvede et Christian Rask-Madsen, deux médecins danois, ont mis au point un type spécifique de bactériothérapie offrant un grand potentiel de traitement de la diarrhée associée à la C. difficile bactérie. A l'instar de la FMT, leur méthode, appelée bactériothérapie rectale (RBT), vise à réintroduire une microflore intestinale normale. Une étude portant sur 55 patients ayant reçu une RT a montré que le traitement était efficace chez jusqu'à 80% de leurs patients (avec de meilleurs résultats chez ceux ne souffrant pas de maladie gastro-intestinale). Tvede et Rask-Madsen reconnaissent que l'inoculation à un patient de bactéries vivantes comporte toujours des risques. Par exemple, une infection sanguine peut se développer. Dix jours après la RBT, l’un de leurs patients a été admis à l’hôpital avec une affection aiguë, possiblement liée à une RBT..

    Technologie Human-Gut-on-a-Chip

    Une équipe de l’Université de Harvard a réalisé des progrès significatifs dans l’étude des bactéries intestinales et de l’inflammation en utilisant la technologie d’intestin sur puce pour créer un modèle contrôlé d’intestins humains. Ce modèle, de la taille d'un bâton de mémoire d'ordinateur, imite les conditions naturelles dans l'intestin humain, ce qui permet aux chercheurs d'étudier la prolifération bactérienne et l'inflammation de l'intestin. Pour la première fois, les scientifiques sont en mesure d'analyser différentes réponses physiopathologiques et l'apport de pathogènes individuels et de cellules in vitro.
    Des services comme uBiome font également leur apparition, transformant le test des bactéries humaines en science citoyenne. Cependant, ces institutions populaires pourraient avoir de nombreuses limites. La science en est encore à ses balbutiements et examiner uniquement les bactéries dans notre intestin ne nous donne pas nécessairement une image complète de l'environnement intestinal et de la santé de l'intestin en général..